Theo quy định tại khoản c, mục 2, Điều 6 Thông tư 197/2012/TT-BTC ngày 15/11/2012 của Bộ Tài chính hướng dẫn chế độ thu, nộp, quản lý và sử dụng phí sử dụng đường bộ theo đầu phương tiện thì xe mô tô đăng ký mới trước ngày 1/1/2013 (thời điểm Thông tư 197/2012/TT-BTC có hiệu lực) thì tháng 1/2013 thực hiện khai, nộp phí cả năm 2013, mức thu phí 12 tháng. 

Do câu hỏi của bạn chưa nêu rõ là xe máy của bạn đăng ký mới từ khi nào? Tuy nhiên, nếu cơ quan thu phí mà thu cả năm 2013 thì có nghĩa là xe của bạn đăng ký mới trước thời điểm ngày 1/1/2013.

Trường hợp xe của bạn đăng ký mới vào thời điểm từ ngày 1/1/2013 đến ngày 30/6/2013 thì phải nộp phí sử dụng đường bộ với mức thu bằng 1/2 mức thu của năm và thời điểm khai nộp chậm nhất đến ngày 31/7/2013.

Nếu xe đăng ký mới từ ngày 1/7/2013 đến ngày 31/12/2013, thì bạn phải thực hiện khai, nộp phí vào tháng 1 năm sau (chậm nhất ngày 31/1) và không phải nộp phí đối với thời gian còn lại của năm 2013.

Đóng phí sử dụng đường bộ là việc làm đúng theo chủ trương của Nhà nước, thực hiện Luật Giao thông đường bộ nhằm tạo nguồn vốn để bảo trì hệ thống đường bộ ngày một tốt hơn phục vụ nhu cầu đi lại của người dân được an toàn, êm thuận. Do đó, việc phương tiện lưu thông ở cự li gần thì không cần phải đóng phí là việc làm chưa đúng Luật.